UAB „Dzūkijos vandenys“ šalto geriamojo vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo kainos nustatomos, vadovaujantis Valstybinės kainų ir energetikos kontrolės komisijos 2006 m. gruodžio 21 d. patvirtinta „Geriamojo vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo paslaugų kainų nustatymo metodika“. Pagal šią metodiką, pardavimo kaina yra sudėtinė kainos dalis, ją privaloma įtraukti į teikiamų paslaugų kainas. Pardavimo kainoje yra apskaičiuotos išlaidos, susijusios su klientų aptarnavimu (šalto vandens apskaitos prietaisų įrengimo, metrologinės patikros, remonto, sąskaitų paruošimo, įmokų surinkimo ir kt.). Pagal minėtą metodiką apskaičiuotos kainos yra teikiamos suderinimui Valstybinei kainų ir energetikos kontrolės komisijai. Suderintos kainos teikiamos tvirtinti Alytaus miesto savivaldybei.
Šiuo metu galiojančios šalto geriamojo vandens tiekimo ir nuotekų tvarkymo kainos yra patvirtintos Alytaus miesto savivaldybės Tarybos 2009-01-29 sprendimu Nr. T-16.